現在の庁舎（ちょうのや）は、古相豊かな境内の社殿の中、モダンなスタイルで目をひきます。昭和３８年５月の竣工で、構造は、鉄筋コンクリート造。設計は、菊竹清訓（きくたけきよのり）氏によるものです。出雲地方の独特の刈り取った稲束を懸け干しておく「はでば」の形を採用し、横桟の間には、特殊ガラスをはめ込んで、適当の量の採光に工夫してあります。

この庁舎は、昭和４０年に第六回建築業協会賞を受賞しました。また、一階の応接室には、日本画家橋本明治画伯の描かれた龍の大画が展示されています。